Схиархимандрит Михаил был погребен на монастырском кладбище у храма в с. Деулино Сергиево-Посадского района. Последние годы пред кончиной, страдая от ран, полученных в годы войны, схиархимандрит Михаил провел в своей келье. 14 июля 2009 года отец Михаил скончался от ишемической болезни сердца.
