С 21 мая 1884 года — наместник Киево-Печерской лавры.
25 октября 1892 года хиротонисан во епископа Балахнинского, викария Нижегородской епархии. Хиротонию совершали митрополит Киевский и Галицкий Иоанникий (Руднев), архиепископ Холмско-Варшавский Флавиан (Городецкий) и епископы: Гурий, Герман, Антоний, Никандр и Николай.
С 3 сентября 1893 года — епископ Курский и Белгородский.
С 7 марта 1898 года — архиепископ Литовский и Виленский.
В 1899 году стал почётным членом Казанской духовной академии.
В 1900 году из Литовской епархии была выделена Гродненская, что в три раза сократило численность паствы архиепископа Ювеналия.
Скончался 12 апреля 1904 года. Был похоронен в Свято-Духовом монастыре Вильнюса.