17 июня 1866 года, по Высочайше утверждённому докладу Святейшего Синода, архимандрит Макарий назначен епископом Балахнинским, викарием Нижегородской епархии. Однако пробыл на этом посту всего лишь год: 29 августа 1867 года по именному Его Императорского Величества указу, данному Святейшему Синоду, повелено ему быть епископом Орловским и Севским.
С 25 декабря 1876 года — епископ Архангельский и Холмогорский.
С 23 мая 1879 года — епископ Нижегородский и Арзамасский.
С 7 июня 1885 года — епископ Вятский и Слободский.
Церковь Алексия митрополита Нижегородского Благовещенского монастыря, где был похоронен святитель
5 декабря 1887 года переведён архиепископом Донским и Новочеркасским.
30 апреля 1894 года уволен на покой, согласно прошению, в Нижегородский Благовещенский монастырь.
В 1870 году Преосвященный Макарий удостоен звания действительного члена Общества восстановления Православного Христианства на Кавказе и получил от этого общества знак св. Нины 2-й степени. 28 марта 1871 года Всемилостивейше сопричислен к ордену св. Анны 1-й степени. В 1872 году избран Почётным членом Московской духовной академии и Московского братства св. Петра Митрополита. Пастырские речи епископа, произнесённые за время пребывания его на архиерейской кафедре в Орле, впоследствии были изданы неоднократно, в том числе и в Москве.
Погребён был в левом приделе Алексеевского храма Нижегородского Благовещенского монастыря.
