С 16 января 1852 года — наместник Киево-Печерской лавры.
Будучи наместником Киево-Печерской лавры, Иоанн принимал деятельное участие в сооружении Киевского Владимирского собора и в открытии пещер на Панкратьевском спуске.
22 октября 1862 года назначен на кафедру епископа Кавказского, но по случаю открытия архиерейской вакансии в Полтавской епархии 23 декабря 1862 года хиротонисан во епископа Полтавского.
16 апреля 1878 года возведен в сан архиепископа.
14 ноября 1887 года уволен на покой с оставлением в Полтавском архиерейском доме.
Скончался 8 июля 1889 года в Полтаве. Погребен в Крестовоздвиженском монастыре, в теплом Свято-Духовском храме, в склепе, по правую сторону от входа.
