17 февраля 1921 года большевистский карательный отряд занял Петропавловск. Епископ Мефодий в тот день служил Божественную литургию и молебен в Никольской церкви. После службы он вышел на площадь перед храмом, где собрался народ, и был заколот штыками «красноармейцев». Уже мёртвому, ему вонзили крест в одну из ран[1]. Епископ Мефодий был похоронен в общей могиле.