15 августа 1845 года хиротонисан во епископа Чигиринского, викария Киевской епархии. В связи с тяжкой болезнью митрополита Киевского Филарета (Амфитеатрова) епископ Аполлинарий нередко управлял всеми епархиальными делами.
Скончался 10 (22) января 1858 года. Погребён в Михайловском Златоверхом монастыре, в Екатерининском приделе соборного храма.
